系列编号：
中华家系 1 号人源 B 淋巴细胞系全转录组 RNA 标准物质的预期用途是对高通量基因表达谱进行性能确认。主要性能评价指标包括：1) 基于“中华家系”1 号 4 个标准物质的信噪比；2) 基于参考数据集的相关性系数。本 RNA 标准物质适用于评价转录组测序的全过程，包括建库、测序、以及生物信息学分析过程，但不适用于评价 RNA 抽提等样本前处理过程。
一、样品制备
本标准物质是从人类淋巴母细胞系 FUDAN_D6 中提取纯化的总 RNA，纯度和完整度检测合格后进行分装。
二、溯源性及定值方法
本标准物质的特性值是基于同卵双胞胎家庭-女儿 D6、父亲 F7、母亲 M8 与该物质的基因表达水平的比值来确定的，由此方法确定的标准参考数据集具有跨平台、跨实验室的重复性和可比性，满足应用需求。
“中华家系”1 号 D5/D6、F7/D6、M8/D6 基因表达比值标准参考数据集 v1.0 版本的定值，采用两种文库制备方案 (PolyA 和 RiboZero)、两种高通量测序技术 (Illumina 和 MGI)、在 8 家认证实验室产出高质量转录组测序数据，产生了 13 批次高质量数据，每批次中进行 3 次技术重复。采用经优化确证的可重复的生物信息学分析流程 (HISAT2-StringTie)进行数据分析，获得 13 个批次共 39 个基因表达比值的数据矩阵。进一步筛选 D5、F7、M8 与 D6 间多次重复测序中差异显著、且 D5/D6、F7/D6、M8/D6 基因表达比值稳定的基因，分别取 13 个批次重复测序结果的平均值作为基因表达比值的标准参考数据集。
三、特性量值及可信度
“中华家系”1 号 D5/D6、F7/D6、M8/D6 基因表达比值标准参考数据集 v1.0 版本覆盖 10,976、9,451 和 10,728 个基因，占 Ensembl 注释基因 (version: Homo_sapiens.GRCh38.93.gtf)的 18.8%、16.2%和 18.4%。部分示例基因的表达比值及不确定度见表 1，不确度评定主要考虑了基因表达比值定值过程、均匀性和稳定性引入的贡献。
表 1. 部分基因表达比值及不确定度
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标准物质名称
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标准物质编号
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Ensembl 基因 ID
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基因符号
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基因描述
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样本对
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基因表达比值
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扩展不确定度 (%)(k=2)
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中华家系 1 号（同卵 双胞胎家庭-女儿 D6)人源 B 淋巴细胞系全转录组 RNA 标准物质
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GBW09907
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ENSG00000000457
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SCYL3
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SCY1 like pseudokinase 3
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D5/D6
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1.40
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8.5
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ENSG00000000460
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C1orf112
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Chromosome 1 open reading frame 112
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D5/D6
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1.17
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12.0
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ENSG00000000938
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FGR
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FGR proto-oncogene, Src family tyrosine kinase
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D5/D6
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0.40
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6.5
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ENSG00000001036
|
FUCA2
|
Alpha-L-fucosidase 2
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D5/D6
|
0.75
|
7.3
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ENSG00000001084
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GCLC
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Glutamate-cysteine ligase catalytic subunit
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D5/D6
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1.19
|
8.6
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ENSG00000000457
|
SCYL3
|
SCY1 like pseudokinase 3
|
F7/D6
|
1.00
|
8.0
|
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ENSG00000000938
|
FGR
|
FGR proto-oncogene, Src family tyrosine kinase
|
F7/D6
|
0.93
|
4.9
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ENSG00000001084
|
GCLC
|
Glutamate-cysteine ligase catalytic subunit
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F7/D6
|
0.86
|
6.0
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ENSG00000001461
|
NIPAL3
|
NIPA like domain containing 3
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F7/D6
|
0.93
|
5.1
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ENSG00000001629
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ANKIB1
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Ankyrin repeat and IBR domain containing 1
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F7/D6
|
0.91
|
4.8
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ENSG00000000419
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DPM1
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Dolichyl-phosphate mannosyltransferase subunit 1, catalytic
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M8/D6
|
0.87
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9.1
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ENSG00000000938
|
FGR
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FGR proto-oncogene, Src family tyrosine kinase
|
M8/D6
|
0.85
|
6.8
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ENSG00000001036
|
FUCA2
|
Alpha-L-fucosidase 2
|
M8/D6
|
0.81
|
5.9
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ENSG00000001461
|
NIPAL3
|
NIPA like domain containing 3
|
M8/D6
|
0.75
|
5.9
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ENSG00000001497
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LAS1L
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LAS1 like ribosome biogenesis factor
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M8/D6
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0.95
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6.5
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四、均匀性和稳定性评估
参照 JJF1343 国家计量技术规范 (等效 ISO 指南 35)，采用转录组测序方法对标准参考数据集中的基因表达比值进行均匀性分析，结果表明均匀性良好。采用芯片电泳方法对 RNA 的完整性 (RNA Integrity Number, RIN)进行稳定性评估，同时采用转录组测序方法对标准参考数据集中的基因表达比值进行稳定性评估，结果均表明稳定性良好。研制单位将继续跟踪监测该标准物质的稳定性，有效期内如发现变化，将及时通知用户。
五、包装、储存及使用
1.包装规格：本标准物质采用 0.5 mL 立式拧口塑料离心管包装，10 μL/管，最小取样量根据各测序平台的建库要求确定。
2.保存及运输条件：建议-80 ˚C 低温长期保存。采用干冰运输，收到标准物质后应检查无误才可用于实验。
3.使用前应先从冰箱内取出，平衡至室温后再打开瓶盖使用。使用后建议尽快恢复密封状态，并置于-80 ˚C 长期保存。
六、标准参考数据集的更新
随着高通量基因组测序技术和分析算法的进步，“中华家系”1 号 D5/D6、F7/D6、M8/D6 基因表达比值标准参考数据集将定期发布升级版。