CDKN2A/RARβ2/RASSF1A/SHOX2 基因启动子区域甲基化质粒 DNA 可作为测量标准用于实时荧光定量 PCR、数字 PCR 方法和高通量测序定量测定 CDKN2A、RARβ2、RASSF1A 和 SHOX2四种基因启动子区域甲基化，还可用于四种基因甲基化检测方法的验证和实验室质量控制等领域。
一、样品制备
本标准物质是通过合成 CDKN2A（基因组坐标：1656-2201，GenBank：DQ406745.1）、RARβ2（基因组坐标：25428263-25428531，GenBank：NC_000003.12）、RASSF1A（基因组坐标：527-1081，GenBank ：DQ444319.1）和 SHOX2（基因组坐标：158103444-158103796，GenBank：NC_000003.12）四种基因启动子区域中富含 CG 位点的 CpG 岛序列构建在载体上，甲基化转移酶（M.Sssl）酶促线性后的质粒 DNA 得到甲基化质粒，将未甲基化质粒和甲基化质粒按照不同比例混合后分装而成。
二、溯源性及定值方法
采用绝对定量方法-数字 PCR 方法对 CDKN2A、RARβ2、RASSF1A 和 SHOX2 四种基因的甲基化和未甲基化基因拷贝数测定，计算甲基化或非甲基化基因占比甲基化与非甲基化基因之和的百分比，得到标准物质的标准值。通过使用满足计量学特性要求、经确认的绝对定量测量方法和经检定校准的容量计量器具，确保本标准物质的量值溯源至可作为任何一个量制基本单位的实体数基本单位“一”（符号：1）以及体积的国家法定计量单位升（L）。
三、特性量值及不确定度
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编号
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名称
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基因名称
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甲基化丰度标准值（%）
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甲基化丰度扩展不确定度（k=2）（%）
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信息值
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非甲基化基因拷贝数浓度（×108copies/μL）
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甲基化基因拷贝数浓度（×108copies/μL）
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NIM-RM4614
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CDKN2A/RARβ2/RASSF1A/SHOX2 基因启动子区域甲基化质粒 DNA 标准物质（水平 1）
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CDKN2A
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0.028
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0.011
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28.2
|
0.008
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RARβ2
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0.046
|
0.026
|
25.7
|
0.012
|
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RASSF1A
|
0.046
|
0.021
|
22.9
|
0.01
|
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SHOX2
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0.048
|
0.021
|
24.6
|
0.012
|
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NIM-RM4615
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CDKN2A/RARβ2/RASSF1A/SHOX2 基因启动子区域甲基化质粒DNA 标准物质（水平 2）
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CDKN2A
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2.56
|
0.49
|
18.7
|
0.479
|
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RARβ2
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2.49
|
0.70
|
16.7
|
0.403
|
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RASSF1A
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2.66
|
0.77
|
13.4
|
0.366
|
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SHOX2
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2.34
|
0.61
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13.8
|
0.33
|
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NIM-RM4616
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CDKN2A/RARβ2/RASSF1A/SHOX2 基因启动子区域甲基化质粒 DNA 标准物质（水平 3）
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CDKN2A
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6.1
|
0.55
|
16.7
|
1.08
|
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RARβ2
|
6.03
|
0.79
|
14.8
|
0.951
|
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RASSF1A
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5.8
|
1.2
|
11.7
|
0.723
|
|
SHOX2
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5.74
|
0.75
|
11.6
|
0.707
|
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NIM-RM4617
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CDKN2A/RARβ2/RASSF1A/SHOX2 基因启动子区域甲基化质粒标准物质（水平 4）
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CDKN2A
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14
|
1.0
|
11.4
|
1.85
|
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RARβ2
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14.1
|
1.3
|
10.5
|
1.73
|
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RASSF1A
|
14
|
1.2
|
8.46
|
1.38
|
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SHOX2
|
13.9
|
2.0
|
8.36
|
1.35
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NIM-RM4618
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CDKN2A/RARβ2/RASSF1A/SHOX2 基因启动子区域甲基化质粒DNA 标准物质（水平 5）
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CDKN2A
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99.8
|
6.0
|
0.001
|
5.38
|
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RARβ2
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99.9
|
8.0
|
0.007
|
5.53
|
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RASSF1A
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99.8
|
7.0
|
0.008
|
3.88
|
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SHOX2
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99.6
|
13
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0.014
|
3.70
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所赋特性量值的不确定度由定值测量、均匀性以及稳定性引入的不确定度分量合成得到。
四、均匀性及稳定性评估
参照 JJF1343 国家计量技术规范（等效 ISO 指南 35），采用数字 PCR 方法对该标准物质进行均匀性检验，最小取样量为 5 μL，结果表明均匀性良好。按照先密后疏的原则采用数字 PCR 方法对该标准物质进行稳定性考察研究，标准值无方向性变化并通过平均值一致性检验，表明稳定性良好。
本标准物质定值日期起，有效期为 2 年，研制单位将继续跟踪监测该标准物质的稳定性，有效期内如发现量值变化，将及时通知用户。
五、包装、贮存及使用
1.包装规格：本标准物质采用 0.5 mL 冻存管包装，每管 30 μL。
2.保存和运输条件：置于-80℃冰箱中保存，采用冰袋运输。
3.使用注意事项：使用前应先从冰箱内取出，平衡至室温后混匀使用，避免反复冻融。