本标准物质作为测量标准,用于经提取纯化后的循环肿瘤 DNA 多基因多位点基因突变检测方法验证,检测产品开发与评价,及检测实验室质量控制等领域。
一、 样品制备
本标准物质通过酶切方法获得长度 138 bp 左右来源于不同基因突变细胞系及野生型细胞系的DNA 片段,将突变型及野生型 DNA 片段按不同比例混合配制而成。
二、 溯源性及定值方法
本标准物质 TP53、PIK3CA、AKT1 基因是单碱基变异(SNV),采用数字 PCR 方法测定突变基因及野生基因拷贝数浓度,计算突变丰度作为标准值,MET、MYC、EGFR 基因是拷贝数变异(CNV),采用数字 PCR 方法测定突变基因及内参基因 RPPH1 拷贝数浓度,计算拷贝数比值作为标准值。通过使用满足计量学特性要求、经确认的绝对定量测量方法和经检定/校准的容量计量器具,确保本标
准物质的量值溯源至可作为任何一个量制基本单位的实体数基本单位“一”(符号:1)。
三、 特性量值及不确定度(相关产品见下列表)
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编号
|
名称
|
突变位点
|
Cosmic ID
|
突变丰度(%)
|
U(k=2)(%)
|
|
NIM-RM4638
|
TP53 (R175H/R248W/R249S/R273L)、PIK3CA (H1047R)、AKT1 (E17K)、MET、MYC、EGFR基因突变循环肿瘤DNA标准物质(10%)
|
TP53 R175H
|
COSM10648
|
11.56
|
0.82
|
|
TP53 R248W
|
COSM10656
|
10.71
|
0.75
|
|
TP53 R249S
|
COSM10817
|
12.47
|
0.89
|
|
TP53 R273L
|
COSM10779
|
11.43
|
0.8
|
|
PIK3CA H1047R
|
COSM775
|
9.11
|
0.71
|
|
AKT1 E17K
|
COSM33765
|
9.56
|
0.69
|
|
突变基因
|
内参基因
|
拷贝数比值
|
U(k=2)
|
|
MET
|
RPPH1
|
3.2
|
0.22
|
|
MYC
|
RPPH1
|
9.4
|
1.14
|
|
EGFR
|
RPPH1
|
3.31
|
0.27
|
|
编号
|
名称
|
突变位点
|
Cosmic ID
|
突变丰度(%)
|
U(k=2)(%)
|
|
NIM-RM4639
|
TP53 (R175H/R248W/R249S/R273L)、NRAS (Q61L)、PIK3CA (H1047R)、AKT1 (E17K)、MET、MYC基因突变循环肿瘤DNA标准物质(5%)
|
TP53 R175H
|
COSM10648
|
5.91
|
0.46
|
|
TP53 R248W
|
COSM10656
|
5.37
|
0.4
|
|
TP53 R249S
|
COSM10817
|
5.89
|
0.45
|
|
TP53 R273L
|
COSM10779
|
5.62
|
0.38
|
|
NRAS Q61L
|
COSM583
|
5.33
|
0.43
|
|
PIK3CA H1047R
|
COSM775
|
4.77
|
0.44
|
|
AKT1 E17K
|
COSM33765
|
4.75
|
0.38
|
|
突变基因
|
内参基因
|
拷贝数比值
|
U(k=2)
|
|
MET
|
RPPH1
|
5.28
|
0.37
|
|
MYC
|
RPPH1
|
18.49
|
1.38
|
|
编号
|
名称
|
突变位点
|
Cosmic ID
|
突变丰度(%)
|
U(k=2)(%)
|
|
NIM-RM4641
|
TP53 (R175H/R248W/R249S/R273L)、NRAS (Q61L)、PIK3CA (H1047R)、AKT1 (E17K)、MET、MYC基因突变循环肿瘤DNA标准物质(1%)
|
TP53 R175H
|
COSM10648
|
1.3
|
0.24
|
|
TP53 R248W
|
COSM10656
|
1.21
|
0.23
|
|
TP53 R249S
|
COSM10817
|
1.23
|
0.24
|
|
TP53 R273L
|
COSM10779
|
1.15
|
0.21
|
|
NRAS Q61L
|
COSM583
|
1.14
|
0.21
|
|
PIK3CA H1047R
|
COSM775
|
0.94
|
0.18
|
|
AKT1 E17K
|
COSM33765
|
1.03
|
0.19
|
|
突变基因
|
内参基因
|
拷贝数比值
|
U(k=2)
|
|
MET
|
RPPH1
|
9.92
|
1.72
|
|
MYC
|
RPPH1
|
58.03
|
11.9
|
所赋特性量值的不确定度由定值、均匀性、稳定性引入的不确定度分量合成得到。
四、 均匀性及稳定性评估
参照 JJF1343 国家计量技术规范(等效 ISO 指南 35),采用数字 PCR 法对该标准物质进行均匀性研究,结果表明均匀性良好,最小取样量为 5 μL。采用数字 PCR 法对该标准物质进行了稳定性研究,自定值日期起,有效期暂定为 6 个月,研制单位将继续跟踪监测该标准物质的稳定性,有效期内如发现量值变化,将及时通知用户。
五、 包装、贮存及使用
1. 包装规格:本标准物质为溶液形式,采用 0.5 mL 冻存管包装,每管 50 μL。
2. 保存及运输条件:置于-70°C 以下冰箱中保存,采用冰袋运输。
3. 使用前先从冰箱取出,平衡至室温并混匀后使用。